В начале 2000-х годов «Ленгипротранс» принял участие в проектировании вокзального комплекса «Ладожский». Он стал самым современным и единственным транзитным вокзалом в Санкт-Петербурге. Проект был необходим для разгрузки пассажирских станций Санкт-Петербург-Главный и Санкт-Петербург-Финляндский, развитие которых затруднялось территориальными условиями.
Еще в 1912–1914 годы на месте вокзального комплекса была построена железнодорожная станция «Дача Долгорукова». Через станцию проходила линия, соединяющая Николаевскую и Финляндскую железные дороги. В 1960-е годы возникла идея на месте станции построить новый железнодорожный узел и транзитный вокзал. Подготовка к строительству началась в конце 1980-х годов, но из-за экономического кризиса проект был приостановлен. В 2001 году Правительством Санкт-Петербурга было принято решение о строительстве Ладожского вокзала и новой пассажирской станции к 300-летию Санкт-Петербурга.
В ходе работ «Ленгипротранс» запроектировал пассажирские и технические станции, депо для отстоя пассажирских составов дальних поездов, второй главный путь на участке Дача Долгоруковых — Горы, высокие пассажирские платформы, путепроводы и мостовые переходы. На перегонах и путях проведена электрификация, благоустроены территории станций, установлены канализация и противопожарная система.
В вокзальном комплексе «Ладожский» применена уникальная технология приема-отправки поездов, осуществляемая внутри конструкции вокзала. Теснота участка не позволяла поставить здание привычным способом — вдоль железнодорожных путей. К тому же требовалось вести строительство, не прекращая транзитного движения поездов. Все эти факторы привели инженеров к решению создать инновационное сооружение, совмещающее в себе вокзал-мост и вокзал-тоннель, вместо традиционного вокзала «берегового типа». Вокзал дальнего следования поднялся над путевым хозяйством в виде конкорса, а пригородный был размещен ниже уровня земли и целиком отдан под железнодорожный и городской транспорт. Три уровня вокзального комплекса связаны по вертикали как функционально — лестницами, пандусами, эскалаторами, так и визуально — огромными световыми колодцами.
На станцию Петербург-Ладожский были перенесены дальние пассажирские поезда северо-восточных направлений и пригородные поезда сосновского направления.
Проект вокзального комплекса был удостоен Гран-при в номинации «Особо значимые социальные проекты» на международном фестивале «Зодчество 2001» в Москве.
