Отдел узлов и станций занимает в АО «Ленгипротранс» ведущее положение в проектировании промышленных железнодорожных комплексов, так называемых путей необщего пользования. В результате выполняемых силами специальностей «Организация движения и экономические расчёты» и «Проектирование узлов и станций» предпроектных проработки предлагаются несколько вариантов железнодорожных систем, состоящих из промышленных перегрузочных терминалов, железнодорожных путей технологических позиций промышленных предприятий, соединительных путей с сетью ОАО «РЖД» и подлежащих реконструкции станций, к которым эти пути примыкают. На основании технологических и экономических проработок выбирается наиболее приемлемый вариант системы, удовлетворяющий требованиям заказчика и позволяющий разработать оптимальные технические условия ОАО «РЖД».
Отделом выполняется полный комплекс проектных работ по путевому развитию, верхнему строению пути, водоотоводам, а также в сотрудничестве с другими отделами по земляному полотну. Сотрудники всех производственных отделов создают комплексные проекты промышленных железнодорожных объектов.
За последние пять лет по проектам института создана железнодорожная инфраструктура следующих предприятий:
- Комплекса по перегрузке сжиженных углеводородных газов в Усть-Луге (ЗАО «СИБУР- Портэнерго»);
- Комплекса наливных грузов в Усть-Луге ( АО «Усть-Луга Ойл»);
- Комплекса по перегрузке технической серы в Морском торговом порту Уст-Луга;
- Логистического центра, примыкающего к станции Шушары;
В настоящее время строится Западно-Сибирский комплекс глубокой переработки углеводородного сырья рядом с городом Тобольском.