Московский вокзал в Санкт-Петербурге запроектирован по единому проекту с Ленинградским вокзалом в Москве при сооружении Николаевской железной дороги в XIX веке. В 1950–1960 годы «Ленгипротранс» являлся генеральным проектировщиком реконструкции обоих вокзалов с целью расширения и модернизации.
Одной из главных идей реконструкции Московского вокзала было создание второго выхода станции метро «Площадь Восстания». Новый вестибюль метро был запроектирован в правом крыле вокзала со стороны Лиговского проспекта и связан с платформами отправления и прибытия поездов подземными переходами. В левом крыле были предусмотрены залы ожидания и кассовый зал.
Важной задачей являлся капитальный ремонт дебаркадера Московского вокзала, пришедшего в ветхое состояние. При рассмотрении вариантов реконструкции было принято решение, что дебаркадер — единственное место для расширения вокзала. Таким образом, он был перепроектирован в центральный операционный зал, с расположенными под ним багажными кладовыми.
В 1960-1970 годы был реконструирован световой зал вокзала, переустроены две пассажирские платформы и сооружены алюминиевые навесы над перронами. Кроме решения вопросов по капитальному ремонту помещений вокзалов (залы ожидания, билетные кассы, багажные кладовые), замене внутренних и наружных инженерных сетей, ремонту платформ и благоустройству территории, большое значение придавалось реставрации фасадов зданий. При этом одной из задач было как можно более полно воссоздать первоначальный образ объекта и восстановить исторические интерьеры.
Таким образом, «Ленгипротранс» более полувека участвовал в проектировании различных объектов Московского вокзала. Перед Олимпийскими играми 1980 года перед вокзалом была организована «Олимпийская площадка» — стоянка для общественного и личного автотранспорта у Лиговского проспекта. В 2002 году были выполнены работы по капитальному ремонту вокзала, в связи с подготовкой к 300-летию Санкт-Петербурга.
