В послевоенные годы «Ленгипротранс» разработал проект железнодорожной линии Салехард — Надым — Игарка, ныне известной как Трансполярная магистраль. Дорога задумывалась как дублер Северного морского пути для соединения советской Арктики с железнодорожной сетью страны. В 1953 году строительство было законсервировано. В 1970-е годы институтом были возобновлены работы на отдельных участках магистрали.
В 2000-е годы начался новый этап проектно-изыскательских работ в рамках комплексной программы «Урал Промышленный — Урал Полярный» по созданию минерально-сырьевой базы промышленности на Северном и Полярном Урале. Ядром транспортной составляющей должны были стать железнодорожные линии Полуночное — Обская — Салехард и Салехард — Надым. С учетом опыта работ в данном регионе основным проектировщиком был назначен «Ленгипротранс».
В марте 2008 года были начаты полевые работы на основном участке Трансполярной магистрали — линии Салехард — Надым. «Ленгипротранс» выполнил топографо-геодезические и инженерно-гидрологические работы на участке протяженностью около 180 км от Салехарда и инженерно-геологические работы на участке 90 км.
При проектировании земляного полотна в основу конструкций был положен принцип максимального замедления процессов. Это подразумевает, что если невозможно рассчитать, будет ли насыпь промерзать или растепляться, то надо запроектировать ее так, чтобы этот процесс был как можно более медленным и равномерным. Для этого в конструкциях широко применялись различные геосинтетические материалы — геотекстиль, пенополистерол, георешетки.
В состав проекта входили три крупные станции — Салехард, Татаринцево и Надым, на которых предусматривалось строительство большого числа производственных и бытовых зданий. На Татаринцево также запроектировано вахтовое жилье для эксплуатационников. На станциях Салехард и Надым проектировались современные вокзальные комплексы. На объекте был запроектирован ряд искусственных сооружений. Таким образом, в работах был задействован весь проектный комплекс института.
В конце 2009 года было получено положительное заключение по железнодорожной линии Салехард — Надым. В настоящий момент проект готовится к реализации в рамках создания Северного широтного хода.